Male molekule poput koenzima A je teže pouzdano identificirati u biološkom uzorku u odnosu na veće molekule čije molekulske mase prelaze 1 kDa. Nasljedne metaboličke bolesti najčešće podrazumjevaju nakupljanje ili izostanak upravo malih molekula u pojedinim tkivima. Stoga se, u sklopu dijagnostičke obrade bolesnika s nasljednim metaboličkim bolestima, pojavila potreba za primjenom naprednijih, fragmentacijskih tj MALDI TOF/TOF MS analiza koje osiguravaju pouzdanu identifikaciju malih molekula.
Slike prikazuju MALDI TOF MS acetil-koenzima A i MALDI TOF/TOF MS iste molekule.